Saúde em Dia

Bioinformática

• A Informática na Pesquisa com Câncer de Pele

A pele é o maior órgão do nosso corpo e o melanoma – câncer de pele – é uma enfermidade muito grave e o tipo mais comum de câncer, por isso merece atenção interdisciplinar. O INCA – Instituto Nacional do Câncer – prevê para o ano de 2010 cerca de seis mil novos casos de melanoma no Brasil.

Em 2000, um artigo científico publicado na revista Nature, mostrou matematicamente que o câncer de pele é dividido em uma subcategoria, essa informação é muito importante para a saúde e também para a informática, pois o tipo de análise feita por esse grupo de pesquisa não pôde ser alcançado apenas observando as células no microscópio. O grupo precisou da ajuda do computador e de métodos matemáticos.

Nessa pesquisa, foi calculado qual é o tipo de expressão gênica em cada uma das células do melanoma, essa tecnologia é chamada microarranjo. Esse experimento foi feito para cada uma das amostras de melanomas de diferentes pacientes e formaram um banco de dados.

Procedimento

Para quantificar o tipo de expressão gênica, os cientistas utilizaram amostras de células de câncer e células normais, marcando uma delas com moléculas fluorescentes, para identificá-las posteriormente. Essas duas amostras foram misturadas e colocadas em uma lâmina com a sequência do DNA humano. Como elas possuem complementariedade, todas as moléculas se movem pela lâmina até encontrar o gene de sua sequência e se unir a ele.

Lembra-se da molécula fluorescente? Pois bem, no momento que o laser é ativado, elas se acendem, assim é possível quantificar o número de genes.

O Programa R e a análise de dados

R é um software gratuito muito conhecido na análise estatística e permite a criação de outros programas. Ele funciona através de linha de comando e possui uma interface para cálculos estatísticos e gráficos.

O professor Vêncio fez uma demonstração do programa R através dos dados desse artigo publicado na Nature e mostrou aos alunos como os cientistas chegaram aos resultados finais através da análise de dados.

“Eles mediram a distância entre um câncer e outro. O que está sendo medido matematicamente são os transcritos de um tipo de câncer, a distância entre eles. Depois que perceberam que isso era uma subcategoria do câncer de pele, fizeram diversos experimentos, usando microscópio e lâminas, que confirmou um subconjunto de melanomas”, explicou Vêncio aos alunos.

Aluno: “Seria impossível fazer isso sem o computador?”.
Vêncio: “Seria absolutamente impossível fazer uma análise desta para uma grande parte do genoma, com 38 amostras de câncer diferentes, em menos de um minuto e com meia dúzia de cliques; se não tivesse um computador e uma ferramenta poderosa como o R”.